Вера Викторовна, если Ваше лечебное учреждение не подчиняется ФМБА, а это должно быть подтверждено наличием в названии данной аббревиатуры (как я понимаю этого нет), то Вы должны "подчиняться" приказу Минздравсоцразвития № 808н. Если так, то Вам верно отказали.