Лидия, если виновник аварии выполнял работу (раз Вы говорите, что машина служебная), то по иску в гражданском процессе будет отвечать его работодатель, т.е. организация. Поэтому иск подается в районный суд по месту нахождения ответчика. За компенсацией материального вреда можно обратиться не позднее 3 лет (срок исковой давности).