Вячеслав, здравствуйте, повторную либо дополнительную экспертизу в рамках судебного процесса может назначать или не назначать только суд, другие органы этим правом не наделены. Доказывать в суде необоснованность выводов и его противоречие необходимо Вам, если суд к Вашим обоснованным объяснениям отнесся не внимательно, сам эти противоречия не изучил и не устранил, то в суде 2 инстанции можно ссылаться на это обстоятельство для отмены решения суда первой инстанции. Это труднейшая и кропотливая работа. Опять же что за письмо, кем написано, как оформлено?