Алексей Николаевич, обратитесь письменно к работодателю, а также к юристу и работнику кадрового отдела за разъяснениями. На наш взгляд оплата должна была быть проведена. По ответу будет ясно почему так произошло и как восстановить нарушенные Ваши права.